Tout savoir sur le microbiome cutané.

Souvent confondus, le microbiote et le microbiome cutanés sont pourtant subtilement différents. Le microbiote correspond à l’ensemble des micro-organismes – bactéries, levures, champignons, virus ou archées – qui colonisent une zone spécifique de notre organisme, comme la peau, l’intestin ou la bouche. Le microbiome désigne quant à lui les micro-organismes, mais aussi l’ensemble du matériel génétique qu'ils contiennent : il décrit donc tout ce que ces micro-organismes sont capables de faire collectivement (synthèse de molécules, transformation de lipides, défense contre les pathogènes…).

Le microbiome décrit donc une réalité plus large que le microbiote.

Après l'intestin, la peau est l'organe le plus densément peuplé en micro-organismes, avec une concentration estimée entre 10⁴ et 10⁶ bactéries par centimètre carré et plus de 200 genres identifiés. Cet écosystème abrite environ 18 phyla, dont quatre dominants. Ces micro-organismes cohabitent dans une dynamique d’équilibre fragile et contribuent à la santé de la peau.

À noter que le microbiote cutané n'est pas réparti uniformément sur la peau : il varie selon la nature des zones cutanées.

• Les zones sébacées (front, dos, torse), riches en glandes sébacées, sont densément peuplées en Cutibacterium, capables de dégrader les triglycérides du sébum en acides gras à chaîne courte, comme l’acide propionique, qui maintiennent un pH acide protecteur.

• Les zones humides (aisselles, plis, aine) abritent surtout des Staphylococcus et des Corynebacterium, tolérants au sel et à la chaleur.

• Les zones sèches (avant-bras, jambes) présentent une plus grande diversité bactérienne, mais une stabilité moindre dans le temps.

Cette biogéographie microbienne reflète l’adaptation des espèces à des conditions locales très différentes : variations de pH, de température, d’humidité, de sébum ou d’exposition aux UV.

Le microbiome cutané est essentiel au maintien de la santé et de l’équilibre de la peau. Loin d’être une simple communauté de micro-organismes s'épanouissant sur la peau, il constitue un écosystème vivant et interactif, en dialogue constant avec les cellules de la barrière cutanée et le système immunitaire. Ces échanges sont essentiels pour préserver la fonction barrière, moduler l’inflammation et empêcher la colonisation par des pathogènes opportunistes.

L’un des premiers rôles du microbiome de la peau est la protection contre les micro-organismes nuisibles. Les bactéries commensales, comme Staphylococcus epidermidis, produisent des peptides antimicrobiens et des acides organiques capables d’inhiber la croissance de bactéries pathogènes, telles que Staphylococcus aureus. Ce phénomène de compétition écologique limite la prolifération des espèces indésirables et maintient un équilibre favorable à la santé cutanée. Parallèlement, le pH naturellement acide de la peau, entretenu par le métabolisme des lipides et des acides gras issus du sébum, contribue à renforcer cette barrière antimicrobienne.

Par ailleurs, le microbiome cutané participe à la maturation du système immunitaire local. Dès la naissance, la peau entre en contact avec une multitude de micro-organismes qui "éduquent" les cellules immunitaires. Les études ont montré que certaines bactéries commensales induisent une tolérance immunitaire en modulant la production des cytokines anti-inflammatoires. Cette intervention du microbiote aide la peau à différencier ce qui est inoffensif de ce qui doit être éliminé. Une flore équilibrée permet d’éviter certaines réactions excessives du système immunitaire observées dans des pathologies telles que la dermatite atopique.

Le microbiome cutané joue également un rôle dans la cicatrisation des plaies, en modulant les interactions entre l’épiderme et le système immunitaire local. Les organismes commensaux de la peau sont en effet en communication constante avec les cellules immunitaires, notamment les lymphocytes T et les kératinocytes, afin de maintenir un équilibre entre inflammation et réparation tissulaire. Certains travaux de recherche soulignent l’effet bénéfique de Staphylococcus epidermidis, capable de stimuler des mécanismes de réparation alternatifs grâce au recrutement de lymphocytes T CD8 régulateurs. Ce dialogue immunologique particulier, propre aux bactéries commensales, semble favoriser une cicatrisation équilibrée et limiter les réponses inflammatoires excessives.

Enfin, le microbiome cutané joue un rôle métabolique encore sous-estimé. Les micro-organismes présents à la surface de la peau participent à la dégradation du sébum et des cellules mortes, à la production d’acides gras à chaîne courte et même à la synthèse de certaines vitamines et acides aminés nécessaires à la cohésion de la barrière cutanée. Ces métabolites agissent directement sur la différenciation des kératinocytes et sur la qualité du film hydrolipidique.

Le microbiome cutané est un écosystème vivant en perpétuelle évolution.

Sa composition n’est pas figée : elle se transforme au fil des âges, des changements hormonaux et des modifications de notre environnement ou de nos habitudes de vie, reflétant l'adaptation constante des micro-organismes. À la naissance, la peau du nouveau-né est comme un territoire vierge que les premiers micro-organismes viennent coloniser. Le mode d’accouchement influence cette première implantation : les enfants nés par voie basse héritent d’un microbiote proche de celui du vagin maternel, riche en Lactobacillus et Prevotella, tandis que ceux nés par césarienne présentent une flore initialement semblable à celle de la peau de la mère, dominée par Staphylococcus et Corynebacterium. Ces différences tendent à s’estomper dès les premières semaines, sous l’influence du contact cutané, de l’alimentation et de l’environnement.

Au cours de l’enfance, le microbiome cutané reste encore relativement homogène d’un site corporel à l’autre. Puis, à mesure que la peau s’épaissit et que les glandes sudoripares et sébacées se développent, la diversité microbienne augmente. À l’adolescence, la montée des hormones sexuelles transforme radicalement l’environnement cutané. L’augmentation de la production de sébum favorise la prolifération de bactéries lipophiles telles que Cutibacterium acnes et de levures du genre Malassezia. Ces changements expliquent pourquoi certaines affections comme l’acné apparaissent à cette période : certaines souches de C. acnes produisent des porphyrines pro-inflammatoires qui stimulent la production de cytokines et déséquilibrent la flore locale.

À l’âge adulte, le microbiome cutané atteint un état d’équilibre relatif. La composition des communautés microbiennes varie surtout selon la zone du corps, comme décrit plus haut. Le microbiome reste néanmoins sensible à de nombreux facteurs, tels que le stress, l'alimentation, l'exposition au soleil, la pollution ou encore l'utilisation de cosmétiques. De plus, au cours du vieillissement, avec la diminution de la sécrétion de sébum et l'augmentation du pH cutané, certaines bactéries prolifèrent au détriment d'autres. Les études montrent une baisse des populations de Cutibacterium et de Lactobacillus, associée à une hausse relative de Corynebacterium et de Streptococcus. Ces déséquilibres contribuent à l’inflammation chronique de bas grade et à la fragilité accrue des peaux matures.

La composition et la diversité du microbiote cutané semblent aussi dépendre du genre de l'individu. Des travaux récents portant sur la flore du visage ont montré que, globalement, les femmes présentent une diversité bactérienne plus élevée que les hommes. Cette différence s’explique par plusieurs facteurs physiologiques et comportementaux. La peau féminine est généralement plus fine, plus acide, mieux hydratée et plus choyée avec un usage plus fréquent de cosmétiques par les femmes, ce qui favorise la colonisation par différentes espèces bactériennes. En revanche, le microbiote masculin semble dominé par un plus petit nombre de bactéries, notamment des anaérobies comme Cutibacterium spp., qui prospèrent dans les environnements riches en sébum et pauvres en oxygène.

Ces variations se retrouvent également au niveau de la structure de la communauté bactérienne. Chez les hommes, le phylum dominant après les Actinobacteria est généralement Firmicutes, tandis que chez les femmes, il s’agit de Proteobacteria. Certaines différences se retrouvent même au niveau des genres : par exemple, Staphylococcus et Anaerococcus sont plus abondants chez les hommes, tandis que Sphingomonas, Pelomonas et Streptococcus sont plus représentés chez les femmes. Ces disparités reflètent les différences physiologiques entre les sexes, comme la production de sébum et la transpiration, plus importantes chez les hommes, mais aussi des facteurs environnementaux et des habitudes de soins.

Remarque : L'ethnicité semble aussi influencer le microbiome cutané. Par exemple, certaines espèces de Corynebacterium et de Proteobacteria sont plus abondantes dans les populations d’Asie de l’Est et d’Afrique, tandis que d’autres sont spécifiques à des groupes hispaniques ou européens. Cependant, avec la mondialisation et les migrations, les frontières entre les profils microbiens ethniques deviennent moins nettes.

Le microbiote cutané défend la peau selon un processus dit de résistance à la colonisation. Ce dernier repose sur la capacité des micro-organismes commensaux à empêcher l’implantation et la prolifération d’agents pathogènes. Lorsque cet équilibre est rompu, c'est-à-dire en cas de dysbiose, la composition du microbiote se modifie et certaines espèces auparavant bénéfiques peuvent devenir délétères pour l’hôte, un basculement reconnu dans la pathogenèse de différentes maladies de peau.

L’un des exemples les plus étudiés est celui de l’acné, une maladie de peau inflammatoire associée à la bactérie Cutibacterium acnes. Bien que cette espèce soit naturellement présente sur la peau, certaines souches, notamment celles du phylogroupe 1A1, sont reliées à l'acné. Ces souches possèdent des facteurs de virulence favorisant l’adhésion bactérienne et l’activation du système immunitaire, ce qui déclenche une inflammation locale. Par ailleurs, C. acnes peut former des biofilms à l’intérieur des follicules, contribuant à la persistance de l’infection. Une production excessive de sébum, fréquente à l'adolescence, est l'une des causes de prolifération de C. acnes, car cette bactérie se nourrit des triglycérides du sébum.

Un autre modèle illustrant la dysbiose cutanée est celui de la dermatite atopique. Cette maladie chronique et récidivante résulte d’une combinaison de facteurs : altération de la barrière épidermique, dérégulation immunitaire et déséquilibre microbien. En période de poussée inflammatoire, on observe une augmentation marquée des staphylocoques, en particulier S. aureus et S. epidermidis, alors que la diversité microbienne globale diminue. Ces modifications coïncident avec une aggravation des symptômes, suggérant une relation étroite entre la charge bactérienne et la sévérité clinique. Par ailleurs, il a été montré que S. aureus peut déclencher la dégranulation des mastocytes via sa δ-toxine, activant ainsi les voies inflammatoires de type Th2 et fragilisant la barrière cutanée.

La rosacée met aussi en évidence le lien existant entre un déséquilibre du microbiote cutané et une inflammation de la peau. Plusieurs études ont montré une surexpression du récepteur TLR-2 dans l’épiderme des personnes souffrant de rosacée, activé notamment par la présence accrue d’acariens Demodex folliculorum. Cette stimulation excessive déclenche une cascade inflammatoire avec la production de cytokines pro-inflammatoires, telles que l’IL-1β et l’IL-8, ainsi que de prostaglandines favorisant la vasodilatation. De plus, la chitine de l’exosquelette des Demodex renforce cette réponse via ce même récepteur TLR-2.

Remarque : Le vitiligo, le psoriasis ou encore l'alopécie sont d'autres problématiques dermatologiques qu'une dysbiose cutanée peut influencer.

Préserver l’équilibre du microbiote cutané repose sur une routine de soin simple et des soins doux. En effet, l’utilisation de nettoyants agressifs ou la réalisation trop fréquente de gommages peuvent perturber la flore cutanée et favoriser la dysbiose, ouvrant la voie à des inflammations et à des infections. De même, l’exposition répétée à des facteurs environnementaux agressifs comme le soleil ou la pollution peut modifier la composition microbienne et réduire la diversité, pourtant essentielle au bon fonctionnement du microbiome. Une routine simple incluant un nettoyage doux, une hydratation adaptée à sa typologie de peau et une protection solaire contribue à maintenir un environnement stable et favorable à la colonisation par des bactéries bénéfiques.

L’alimentation et le mode de vie jouent aussi un rôle indirect. Un régime alimentaire équilibré favorise la santé globale et pourrait soutenir le microbiote cutané via l’axe intestin-peau. Ce dernier désigne la communication bidirectionnelle entre l’intestin et la peau, par laquelle l’état du microbiote intestinal, l’inflammation et les métabolites produits peuvent influencer la santé cutanée, et vice versa. De plus, limiter le stress, dormir suffisamment et éviter de recourir inutilement à des antibiotiques contribuent à prévenir les dysbioses. Enfin, le marché des pré-, pro- et postbiotiques est actuellement en pleine expansion et pourrait offrir une solution pour soutenir le microbiome cutané.

• SEGRE J. A. The human skin microbiome. Nature Reviews Microbiology (2018).

• JIANG X. & al. From pathogenesis of acne vulgaris to anti-acne agents. Archives of Dermatological Research (2019).

• KIM H. S. Microbiota in rosacea. American Journal of Clinical Dermatology (2020).

• LA SCOLA B. & al. Challenges in exploring and manipulating the human skin microbiome. Microbiome (2021).

• KALAN L. R. & al. Living in your skin: Microbes, molecules, and mechanisms. Infection and Immunity (2021).

• THANABALU T. & al. Prebiotics in atopic dermatitis prevention and management. Journal of Functional Foods (2021).

• BARIZZONE N. & al. Influence of sex on the microbiota of the human face. Microorganisms (2022).

• WILKINSON H. N. & al. The skin microbiome: Current landscape and future opportunities. International Journal of Molecular Sciences (2023).

• YADAV H. & al. Microbiome and postbiotics in skin health. Biomedicines (2025).