Au-delà de son efficacité dépigmentante, l’hydroquinone est associée à plusieurs effets indésirables cutanés bien documentés, ce qui explique en partie les réserves qui entourent son usage. Les réactions observées peuvent être aiguës, c’est-à-dire apparaître rapidement après l’application, ou se développer plus progressivement au fil d’une utilisation répétée. Parmi les effets secondaires précoces, les plus fréquents sont les irritations cutanées, avec rougeurs, sensations de brûlure, inconfort et parfois desquamation. La littérature rapporte une fréquence très variable de ces réactions irritatives, allant de 0 à 70% en monothérapie, et pouvant atteindre 10 à 100% lorsque l’hydroquinone est utilisée en association avec d’autres actifs, notamment dans des protocoles dépigmentants plus intensifs.
D’autres réactions aiguës ont aussi été décrites, comme des dermatites de contact ou des troubles pigmentaires, qu'il s'agisse d'hyperpigmentations post-inflammatoires, suite à une sensibilisation de la peau occasionnée par l'hydroquinone, ou même d'hypopigmentations sur certaines zones. En pratique, cela signifie que même si l’hydroquinone est efficace sur les taches, son utilisation n’est pas anodine : elle peut fragiliser la peau, surtout lorsqu’elle est utilisée de façon répétée, à concentration élevée ou sur une peau déjà sensibilisée.
D'autres effets indésirables, liés à une utilisation prolongée de l'hydroquinone, sont aussi sources de préoccupations.
Parmi eux, l’ochronose exogène constitue la complication la plus documentée. Il s’agit d’une hyperpigmentation paradoxale, caractérisée par une coloration gris-bleutée de la peau, parfois associée à des papules ou à un aspect granuleux sur les zones exposées au soleil. Cette affection apparaît généralement après une utilisation prolongée de l’hydroquinone, souvent sur plusieurs mois, voire plusieurs années, et semble favorisée par des concentrations élevées ou des applications répétées sans encadrement.