Outre le fait de colorer les poils, les cheveux, les yeux et la peau, le rôle physiologique majeur de la mélanine est d'être un système de protection de l'épiderme et des couches profondes contre les agressions extérieures, en particulier des radiations UV. En effet, la production de mélanine constitue une réponse adaptative de l'organisme à des expositions prolongées au soleil. Elle joue ainsi un rôle photoprotecteur.
Ainsi, le bronzage n'est rien d'autre que le mécanisme naturel de protection de la peau contre les UV.
En effet, en s’exposant au soleil, les cellules épidermiques subissent l’attaque des UVA et des UVB, pouvant entraîner des défauts métaboliques (vieillissement), la mort cellulaire et le développement de cancer de la peau. Pour se protéger des dégâts induits par les UV, le mécanisme de mélanogenèse est alors déclenché. La mélanine produite se regroupe autour du noyau des kératinocytes pour former un "filtre" (phénomène de capping) dans le but de protéger l'ADN (matériel génétique) des effets mutagènes et cancérigènes des UV.
Elle va absorber jusqu'à 90% des rayons de longueurs d'onde des UV jusqu'au domaine du visible ayant franchi la couche cornée et les empêcher de traverser l'épiderme. Même si les UVA sont responsables de la pigmentation rapide, mais non-persistante, de la peau par oxydation de la mélanine existante, ce sont les UVB qui sont responsables du bronzage plus durable. Malgré ce système de photoprotection, environ 15% des UVB parviennent encore à atteindre la couche basale et 50% des UVA le derme.
La mélanine a aussi la capacité de capturer les radicaux libres générés au sein des mélanocytes et des kératinocytes par les radiations UV, limitant ainsi le vieillissement prématuré de la peau.
Par contre, la production de mélanine tend à diminuer avec l’âge. Pourtant, l’effet protecteur de la mélanine n’est valable que si elle est en quantité suffisante. Ainsi, un déficit en mélanine génère parfois des troubles pigmentaires au cours du vieillissement, à l’exemple du vitiligo, une maladie de la peau qui se manifeste par l’apparition des taches blanches ou encore de lentigos séniles. Cette diminution de la synthèse de mélanine est en fait due à une baisse dans le nombre de mélanocytes qui ne sont plus renouvelés et dans leur activité. Effectivement, l'activité et le nombre de mélanocytes diminuent de 10 à 20% par décennie à partir de 30 ans.
Note : L'activité des mélanocytes épidermiques est continue, alors ceux des follicules pileux suit le rythme du cycle pilaire.