Le microbiote désigne ainsi l'ensemble des micro-organismes (bactéries, champignons, virus, parasites) non-pathogènes, dits commensaux (bactéries qui sont bénéfiques à l'organisme), hébergés dans un environnement spécifique, le microbiome. Le microbiote humain abrite des millions de micro-organismes. Dans l’organisme, il existe différents microbiotes : au niveau de la peau, de la bouche, du vagin, des organes sexuels masculins, des poumons…
Grâce à leurs propriétés antimicrobiennes, ces "bonnes" bactéries lui permettent de se protéger et de se défendre contre les pathogènes invasifs. A l'inverse, les "mauvaises" bactéries envahissent l'organisme et peuvent endommager les cellules et/ou induire une inflammation. Néanmoins, elles sont également essentielles à notre organisme, car elles stimulent nos défenses immunitaires. Un microbiote en bonne santé résulte d'un équilibre entre ces "bonnes" et ces "mauvaises" bactéries. Par exemple, l’utilisation excessive de savons antibactériens peut altérer le microbiote cutané, ce qui peut engendrer des rougeurs et/ou des irritations ; on parle alors de dysbiose.
Remarque : Le microbiote cutané varie d'une personne à une autre. Il dépend de l'âge, du mode de vie, du sexe, du pH de la peau etc...